Bij een transpositie van de grote vaten komt de longslagader uit de linkerkamer van het hart, in plaats van uit de rechterkamer. De lichaamsslagader (aorta) komt uit de rechterkamer, terwijl deze uit de linkerkamer hoort te komen.
Door deze verkeerde aansluiting wordt het zuurstofarme bloed dat uit het lichaam terugkomt, direct naar het lichaam teruggestuurd. Het gaat niet eerst langs de longen en er is dus geen nieuwe zuurstof aan toegevoegd. Het zuurstofrijke bloed dat uit de longen komt, wordt teruggestuurd naar de longen zonder dat de zuurstof is verbruikt.
Gelukkig zijn er bij de geboorte twee verbindingen tussen de longcirculatie en de lichaamscirculatie: Het ovale venster (foramen ovale), de opening in de wand tussen de boezems en de ductus arteriosus , een verbinding tussen de lichaamsslagader en de longslagader. Zo kan er na de geboorte voldoende bloed tussen de longcirculatie en de lichaamscirculatie blijven stromen om de baby in leven te houden.
Toch gaat er bij een transpositie nog veel zuurstofarm bloed naar het lichaam. De baby krijgt hierdoor een blauwe kleur. Dit is meestal goed te zien aan de handen, voeten en rondom de mond.