Hjalmar van Santvoort houdt zich sinds 2003 intensief bezig met wetenschappelijk onderzoek op het gebied van acute en chronische alvleesklierontsteking (pancreatitis) en alvleesklierkanker (pancreascarcinoom). Dit betreft veelal landelijke studies binnen de Pancreatitis Werkgroep Nederland (voorzitter) en Dutch Pancreatic Cancer Group (wetenschappelijke commissie). Hij is co-auteur van meer dan 280 peer-reviewed artikelen waarvan er 15 gepubliceerd zijn in de high-impact journals The New England Journal of Medicine, The Lancet, JAMA en BMJ.